Jibaku Shounen Hanako-kun. Os famosos Sete Mistérios que toda escola parece ter são um marco das lendas urbanas japonesas. Um dos contos mais conhecidos é o de Hanako-san: o fantasma de uma jovem que assombra os banheiros da escola.

A Academia Kamome tem sua própria versão da lenda de Hanako-san. Rumores afirmam que se alguém conseguir invocar Hanako-san, ela concederá a seu invocador qualquer desejo. Atraídas pela fofoca, muitas pessoas tentaram invocá-la, mas todas as tentativas falharam. No entanto, quando Nene Yashiro, uma garota que espera por fortuna romântica, ousa invocar Hanako-san, ela descobre que a suposta “garota” é na verdade um garoto!

Após uma série de eventos infelizes envolvendo os desejos românticos de Yashiro, ela se envolve involuntariamente no mundo do sobrenatural, tornando-se assistente de Hanako-kun. Logo, ela descobre sobre o dever menos conhecido de Hanako-kun: manter o frágil equilíbrio entre mortais e aparições.